从收容舱段2层的传送锚点出发，玩家首先会抵达控制中心二楼区域。此处集中了3个普通宝箱和1个贵重战利品。第一个宝箱位于传送点出口左侧的走廊尽头，无需战斗即可开启；第二个宝箱需要击败走廊中巡逻的反物质军团敌人，包含虚卒·践踏者、抹消者和掠夺者组成的精英小队。第三个宝箱位于二楼中央电梯间旁，需完成不世之材光子学路激活挑战，通过调整能量节点连接路径解锁。贵重战利品则隐藏在二楼最北端的封闭房间内，需先完成该区域所有强敌挑战才能解除屏障。
控制中心一楼的桥面机关是2层探索的关键机制。玩家需操作两个控制装置切换桥面颜色：首次将桥面变为橙色以通过断裂区域，第二次切换为蓝色桥面才能抵达西南角的隐藏房间。此处包含1个丰厚战利品，需击败驻守的自动机兵灰熊。东侧走廊的次元扑满会主动逃离，建议使用远程角色快速触发战斗。中庭传送点后方的悬浮平台上还有一个需要二段跳或特定角色技能才能抵达的宝箱，此处可获取20星琼的丰厚奖励。
2层部分宝箱与支线任务深度绑定。斥力桥解谜宝箱需要完成支线任务向导佯谬才能解锁，该任务涉及与呜呜伯的互动及三重权限获取。在控制中心外部的独立舱室中，玩家还会遇到需要破解三个虚数龋洞的限时挑战，通关不同难度后可获得包含星轨专票的奖励。全收集建议优先清理敌人提升探索效率，部分宝箱刷新机制与地图状态相关，若遇到宝箱未出现的情况，需检查是否遗漏区域任务或机关互动。
