保卫萝卜2中的堡垒关卡是游戏里极具挑战性的特殊模式，这类关卡的核心目标是摧毁地图上的怪物堡垒而非传统的限时防守。与常规关卡不同，堡垒关卡没有时间限制，但怪物会持续从堡垒中生成，玩家需要集中火力攻击堡垒本体才能取得胜利。游戏中共有多个主题场景下的堡垒关卡，包括沙漠、冰川、天际等不同地形，每个堡垒关卡的地图布局和怪物组合都各具特色。
在堡垒关卡中，初期资源分配尤为关键。由于这类关卡允许玩家通过清除障碍物获取隐藏炮塔，开局应优先建造具有穿透或范围伤害的炮塔如魔法球、飞机或船锚，既能快速清理道具又能兼顾防御。部分隐藏炮塔如玩具飞机、冰锥等往往藏在大型障碍物中，合理规划清理顺序能显著提升火力。需堡垒关卡通常伴随在限定时间内清除特定数量障碍物的额外任务，这要求玩家在攻击堡垒和完成任务间找到平衡。
针对堡垒本体的攻击策略需根据地图特性调整。沙漠主题的72关需利用高地地形增强炮塔射程，同时搭配减速类炮塔控制怪物行进速度；而冰川主题的99关则依赖章鱼炮塔的范围伤害和绿瓶子的单体爆发。当堡垒血量降至50%以下时，怪物生成频率会大幅提升，应在关键路径布置月亮塔或冰冻星等控制型炮塔，为火力塔争取输出时间。后期可出售非核心位置的炮塔，将资源集中到堡垒附近的黄金炮塔或魔法球上。
完成堡垒关卡的三星评价需要兼顾多项条件。除了确保萝卜不被啃食外，还需注意部分关卡对特定炮塔数量的限制，例如99关要求月亮塔不超过1个。道具全清是获取水晶萝卜的关键，建议在最后几波怪物前完成所有障碍清除工作。
