迷失岛2是一款以探索解谜为核心的冒险游戏，玩家需要通过收集线索、解开谜题来揭开小岛的秘密。游戏采用非线性叙事方式，玩家可以自由探索多个场景，包括灯塔、轮船、神庙等地点。关键道具包括火柴、蓝莓、船票、钥匙等，这些物品在解谜过程中起到重要作用。游戏中的谜题设计注重逻辑性，部分机关需要观察环境细节才能破解。
游戏初期从一间小屋开始，玩家需要与老奶奶对话获取关键信息，包括寻找信箱钥匙和船票。在房间内可收集火柴和蓝莓，这两个道具后续用于解谜。上楼后需解开图案移动谜题，获取笔记本中的钥匙。用钥匙打开信箱得到船票后，前往码头将船票交给船员，会获得灯塔密码（北南西东东北）。进入灯塔后需逐层探索，在三楼解开灯光机关谜题，这是游戏中最复杂的部分之一，需要玩家耐心调整颜色方块的位置。
轮船场景是游戏中期的重要环节，玩家需与船员对话获取飞鱼线索，通过喇叭机关吸引飞鱼。船舱底层密码门的解法需结合鱼缸下的数字提示。在工厂区域需修复电路并使用飞鱼进行研究，获得刀具后可用于解剖大鱼获取鱼骨。实验室内的时光机器需要收集时间石块和空间石块激活，穿越时空是游戏的核心机制之一，玩家将回到过去与少年互动，种植种子使其成长为可攀爬的大树。
游戏后期主要围绕火箭启动展开，玩家需在飞船内解开门禁密码（图案来自工厂左侧房间墙壁），收集蓝色能量块作为燃料。神庙区域的拼图解谜需要参照漂流瓶内的图案，将石块按箭头方向移动。最终在驾驶室输入正确密码即可启动火箭完成一周目。二周目会新增隐藏内容和成就，包括收集六个三角形石块开启密室等深度玩法，这些设计增加了游戏的可重复探索价值。
